أُطلق على جامعة المرقب (قديماً) عدَّة تسميات، أولها جامعة الانتفاضة 1991 م، ثم جامعة ناصر 1992 م، وأخيراً جامعة المرقب، حيث صدر القرار رقم (77) لسنة: 2001 م الذي عُدلت بموجبه تسمية الجامعة، لتصبح جامعة المرقب، ومقرها مدينة الخمس، وتعد الجامعة اليوم من الجامعات الأساسية في ليبيا وهي عضو في اتحاد الجامعات العربية منذ 17/06/2004 م واتحاد جامعات العالم الإسلامي وكذلك عضو في اتحاد الجامعات المتوسطية Unimed منذ 26/06/2018 م، وتمنح الجامعة الإجازات العلمية (الليسانس، البكالوريوس، الماجستير والدكتوراه في العلوم الإنسانية).